در منطقه گمرک سرخس راهآهن مشهد، سرخس، تجن قرار دارد که این راهآهن سبب اتصال ایران به کشور ترکمنستان میگردد و به نقطه صفر مرزی خواهد رسید. این راهآهن از داخل منطقه اقتصادی سرخس عبور میکند. به همین علت موجبات ارتباط و اتصال با کشورهای آسیای مرکزی را به کشورهای اروپایی برقرار مینماید و بهعنوان مهمترین فضیلت این گمرک و منطقه اقتصادی آن به محسوب میشود.فرودگاه بینالمللی سرخس هم یکی دیگر از راههای ارتباطی برای تجار و بازرگان در این منطقه است. داشتن راههای بینالمللی هوایی از مهمترین و ضروریترین راههای ارتباطی در مناطق اقتصادی بهخصوص منطقه اقتصادی و گمرک سرخس است. فرودگاه بینالمللی سرخس در محدوده گمرکی و همچنین منطقه اختصاصی اقتصادی این منطقه قرار دارد.
این فرودگاه در نقطه صفر مرزی قرار گرفته است و به همین خاطر برای ورود و خروج کالاها ترافیک هوایی کمتری را دارا بوده و تجار بهسهولت میتوانند برای واردات و صادرات محصولات مورد نظر خود از گمرک سرخس و منطقه اقتصادی و راههای ارتباطی و زمینی و هوایی بهخوبی بهرهمند گردند.
